Sakraliniai pastatai visada buvo ir tebėra bendruomenės susitikimo su Dievu namai. Tyrinėjant sakralinę architektūrą, labai svarbu rasti raktą ne vien nuo materialių bažnyčios durų. Kur kas įdomiau – analizuoti laiko ir žmonių santykį, t. y. surasti raktą, kuris atrakina daugybę netikėtų ir paslaptingų istorijų. Kiekviena plyta, kiekvienas dekoro elementas persmelktas žmogaus prisilietimo ir jo tikėjimo.

Ten, kur dabar stovi gotikinė Zapyškio bažnyčia ir driekiasi žaliuojančios kitados Nemuno užliejamos lankos, manoma, buvusi pagoniška lietuvių šventykla su aukuru. Tačiau, į Lietuvą atėjus krikščionybei, romuvos vietoje „vietinių mūrininkų, vadovaujamų gerai išmanančio gotikinės kompozicijos principus meistro“, pastatyta bažnyčia. Nors daug užmarštin nusinešė Nemuno potvyniai, remontai, rekonstrukcijos ir laikas, tačiau nesunaikino pastato autentiškumo. Zapyškio Šv. Jono Krikštytojo bažnyčia iki šių dienų išlaikė lietuviškos gotikos kuklumą ir paprastumą bei artimą ryšį su gamta.

Zapyškio bažnyčios artumas gamtai pasireiškia tuo, jog jos architektūroje nerasime simetrijos ir geometrinio taisyklingumo. Visuose fasaduose nėra tiesių linijų ar tolygaus elementų ritmo. Stačiakampėse nišose įrėmintus smailiaarkį portalą ir užmūrytą arkinį langą, taip pat frontono vidurį jungia ne tiesi, bet laužyta vertikali ašis. Langai ir nišos išdėstyti laisvai. Vakarinio frontono stačiakampių nišų kontūrai netaisyklingi – jos į viršų siaurėja. Taip pasiektas pastatą vizualiai aukštinąs perspektyvos efektas. Bažnyčia nedidelė – nava ir presbiterija beveik kvadrato formos (nava 14,40 m ilgio ir 14,04 m pločio, o presbiterija – 9,10 m ilgio ir 9,08 m pločio), netaisyklingo kontūro. Ankstyvajame LDK gotikos periode pastatų netaisyklingumas buvo įprastas, o XVI a., kada ir statyta Zapyškio bažnyčia, pasitaiko retai ir tik periferijoje. Autentiškos Zapyškio bažnyčios sienos yra apie 1 m storio, iš raudonų, ne visai taisyklingai sumūrytų brauktinių plytų, su akmenų intarpais. Plytų eiles skiria kalkių skiedinys su kriauklėto smėlio užpildais. Fasadų puošyboje panaudotos dviejų profilių plytos: įlankiai ir voleliai. Kompozicijos laisvumas ir tapybiškumas greičiausiai nebuvo sąmoningas statytojų siekis, o tiesiog ne itin preciziškas architekto idėjos įgyvendinimas. Ar sąmoningai, ar ne, bet išgautas fasadų mirgėjimas ritmišku šviesos ir šešėlių žaismu susipina su natūralia aplinkos šviesa.

Zapyškio Šv. Jono Krikštytojo bažnyčią supa istorijos, kuriose darniai jungiasi mitai, legendos ir faktai. Reta kuri šventovė per beveik pusę amžiaus pritraukė tiek istorikų, architektų, dailininkų ir senienų mėgėjų dėmesio. Žmonės visais laikais mėgo įprasminti jiems svarbius įvykius, ieškoti jų paaiškinimo. Neturėdami tikslių faktų, juos išgalvodavo arba jau esamas istorijas pagražindavo. Anot vienos legendos, „anais žilais senovės laikais, kada lietuviai dar tebebuvo stabmeldžiai, tos sienos jau stovėjo, paaukotos dievui Perkūnui. Vytautas Didysis perėmė krikščionybę ir išvarė stabmeldžių dievaitį iš jo būstinės, prakirtęs trobesio rytų pusę ir pastatęs ten altorių. Tuo būdu atsirado bažnyčia. Paskum Povilas Sapiega po daugelio metų atstatė kažin kieno sugriautą bažnyčią“. Šioje legendoje labai aiškiai išreiškiamas pagonybės ir į Lietuvą atėjusios krikščionybės susidūrimas, šventovę lydintis iki šios dienos.

Dar viena istorija pasakoja, kad „ne vieno bažnyčią aplankančio dėmesį atkreipia medinės grotos, skiriančios presbiteriją nuo navos. Šios grotos yra apgraužtos arklių. Teigiama, kad arkliai, palikę grotose savo dantų žymes, priklausė Napoleono armijai. Raitelių būrys sustojo Zapyškyje poilsio. Kadangi žmonėms ir gyvuliams pastogių buvo nedaug, tai jie užėmė ir bažnyčią. Šiuo pasakojimu tenka tikėti, nes ant vienos spintelės durų galima įžiūrėti kelis Napoleono karininkų parašus.“ Kaip bebūtų gaila, nei grotelės, nei parašai iki mūsų dienų neišliko.

Kita legenda siejasi ir su dabartimi, ir su kai kuriais artefaktais, išlikusiais iki šiol. Anot jos, elnias ant ragų Nemunu atplukdė Švč. Mergelės Marijos paveikslą, kuris kartu su ragais turėjo saugoti bažnyčią nuo Nemuno potvynių. Archeologai teigia, kad tai – grynas pramanas, lietuviško romantizmo dalis, tačiau muziejininkai turi rimtų įrodymų – elnio galva su ragais iš senosios Zapyškio bažnyčios, pavadinta šviestuvu – meliuzina, dabar saugoma Nacionaliniame M. K. Čiurlionio dailės muziejuje (eksponato Nr. ČDM G 53851). Tai pakabinamas šviestuvas, sukomponuotas iš medinės antropomorfinės dalies ir natūralių elnio ragų su lizdais žvakėms, sukurtas XVII a. pirmoje pusėje.

Elnias lietuviams buvo svarbi mitologinė ir ritualinė būtybė (tiesa, kai kurie šaltiniai mini ne elnio, o briedžio galvą, tačiau briedis priklauso elnių šeimai, tad, kalbant apie briedį, reikia turėti galvoje, jog tai – elnių rūšis). Archeologiniai duomenys rodo, jog elnio kultas buvo plačiai paplitęs senojoje Europoje, taip pat ir Lietuvoje. Kasinėjant Šventosios gyvenvietę, aptikta apeiginių lazdų su briedžio galvutėmis viršuje, datuojamų neolito epocha. Viduramžiais krikščionybės mene remtasi paralelėmis tarp elnio ir Kristaus, ragai lyginti su Kristumi, nes jie gali siekti dangų.